זאת חוקת התורה- לפי שהשטן ואומות העולם שואלים את ישראל לומר: מה המצווה הזאת? ומה טעם יש בה? לפיכך כתב בה: חוקה- גזירה היא מלפני ואין לך רשות להרהר אחריה (רש"י לפרק י"ט, פסוק ב). מצוות התורה נחלקות לשלשה סוגים: מצוות, משפטים וחוקים. פרה אדומה שייכת לסוג השלישי- חוקים, אשר הם מצוות שאין השכל מבין, ואין טעמם ברור לאדם.

פרה אדומה תפקידה לטהר טמאי מתים: אדם מישראל אשר בא במגע עם מת- הופך לטמא, ומרגע זה הכניסה למקדש אסורה עליו. על מנת לצאת ממצב הטומאה ולהיטהר ממנו, מצווה התורה להזות ולהתיז עליו במים שעורבב בהם אפר של פרה אדומה. הפרה עצמה צריכה להיות אדומה כולה- ואפילו שתי שערות לבנות או שחורות פוסלות אותה מלהיות פרה אדומה. כמו כן, גם כל שימוש בפרה למטרת עבודה אסור- ואפילו השתמש בה להעביר סדין או טלית ממקום למקום, נפסלה הפרה מלשמש כפרה אדומה. את הפרה שוחטים ושורפים מחוץ למחנה- בימי נדודי ישראל במדבר, ועל הר הזיתים- בזמן שבית המקדש קיים. כמובן שמצווה זו בטלה מלהתקיים מרגע שהמקדש נחרב, ואינה מתקיימת כיום כאשר אין לנו לא מקדש, לא משכן, וכולנו עדיין טמאי מתים.

כל הבא במגע עם הפרה: השוחט, השורף, אוסף האפר, הכהן והמזה את המים, כולם חייבים להיות טהורים הם עצמם, אולם לאחר שסיימו את עבודתם- הופכים הם לטמאים, ולמעשה הפרה האדומה פועלת עליהם בצורה הפוכה מאשר על שאר האנשים- במקום להיטהר על ידי העיסוק בה, היא דווקא מטמאת! זוהי אחת התכונות הקיימת במצווה זו אשר הפכו אותה לכל כך בלתי נתפסת בהבנת האדם.   

המדרש מנסה להבין מדוע דווקא בשדה ומחוץ למקדש נשחטת ונשרפת הפרה: מחוץ למחנה- ולמה מחוץ למחנה? –כי בשדה נהרג הבל, קדמה מזרחה. לכך למזרח המשכן נשחטה פרה (פתרון התורה). מדרש זה מוצא פן של כפרה במעשה הפרה- כפרה על רצח הבל, ועולה השאלה: מהו הקשר שבין מצוות פרה אדומה ובין רצח הבל?

אפשר למצוא הסבר בכך שהבל היה המת הראשון- ולמעשה הוא המת הראשון שטימא את האחר, ולכן דווקא במקום בו החלה טומאת המתים, דווקא שם תתחיל גם הטהרה. אפשר להרחיב אמירה זו ולומר שכל מעשה פוגע- ללא קשר אם הוא חלק מעבודת הקב"ה או לא, מצריך סליחה וכפרה שאפשרית להיעשות רק במקום בו הייתה הפגיעה, בין אם מדובר על מקום פיזי, או כל סיטואציה המהווה את הרקע והבסיס לפגיעה. כך גם בקשת הסליחה והחרטה צריכה להיעשות מול הנפגע, ולא רק בלבנו פנימה.

וכך כותב הרמב"ם בהלכות תשובה: כל המצוות שבתורה… אם עבר אדם על אחת מהן, בין בזדון, בין בשגגה, כשיעשה תשובה- חייב להתוודות לפני האל – כאשר אדם חטא, כאשר הוא רוצה לשוב לדרך הישר, הוא צריך להגיע ולהתוודות מול האל- הוא צריך לחזור אל מי שחטא מולו. רק לאחר מכן הוא יכול להגיד על עצמו שהשתנה, אבל גם זה עדיין לא שלם: איזוהי תשובה גמורה? זה שבא לידו דבר שעבר בו, ואפשר בידו לעשותו, ופרש ולא עשה מפני התשובה – האדם צריך גם להוכיח את השינוי שחל בו. במצב בו האדם חטא לאדם אחר ופגע בו- הווידוי והסליחה מול האל אינם מועילים לו: ..אבל עברות שבין אדם לחברו- אינו נמחל לו לעולם עד שייתן לחברו מה שהו חייב לו וירצהו ולשאול ממנו שימחל לו..– עד שלא יגיע האדם פנים אל פנים מול הנפגע, עד שלא יתנצל מולו- לא תהיה סליחה.