נראה שבעל הכלי יקר שם לב לקושי זה, ולכן הוא מתחיל את פירושו בפסוק מספר משלי: ענה כסיל כאיוולתו פן יהיה חכם בעיניו אך הוא ממשיך את הפסוק בלשונו- ויטיל דופי בכל התורה, משמע אותו הכסיל כרגע עדין לא מטיל דופי בכל התורה, ובין אם הוא מאומות העולם ובין אם מדובר על אדם מישראל שניצב בפני משבר באמונה- הוא כרגע עדיין מקבל  את הסמכות האלוקית, וקבלה זו היא שמאפשרת לנו לומר לו: חֻקָּה חָקַקְתִּי גְּזֵרָה גָּזַרְתִּי. אילולי כן לא היה טעם באמירה זו משום שמלכתחילה הוא לא מקבל שיש מי שגוזר ומחוקק, ונראה שמסיבה זו מסיים הרב את חלק זה בפירושו במילים: שלא יאמרו שאין מצוה זו מכלל מצות התורה, כאשר המיקוד הוא רק על חלק מהתורה (מצווה זו) ולא שהתורה כולה היא שקרית.

למעשה, דברי הרב מעוררים שני קשיים. הקושי הראשון הוא שהרב מתייחס לפסוק ענה כסיל כאולתו, אולם האם באמת אין מקום לבוא ולשאול שאלות? למי מאתנו אין שאלות? המציאות מזמנת אירועים וחוויות הגורמות לעיתים לקשיים באמונה- בין אם מדובר בחיים הפרטיים שלנו ובין אם בחיים הלאומיים. האם שאלת השואה אין לה מקום? האם אסונות בלתי נתפסים לא אמורים להעלות את השאלה- למה?

התשובה שעולה מדברי הרב לקושי זה נובעת מנקודת המוצא של השואל: האם מדובר בשאלה או בהתרסה? ההבדל הוא שהשואל מכיר במי שלפניו ולכן הוא יכול גם לקבל תשובה שהוא לא מבין. מצב זה דומה לילד שיכול לשאול את ההורה שאלה וגם אם התשובה לא תספק אותו או שלא תהיה מובנת לו כרגע, היא לא תגרום לו ללכת ולחפש הורה אחר. לעומת זאת המתריס לא מחכה בכלל לתשובה, הוא רק בא להשמיע את דבריו אך לתשובה הוא לא מחכה. וכמובן שהרב בדבריו מתייחס לשואל ולא למתריס. 

קושי שני העולה מדברי הרב קשור בתשובת המדרש: הרב בלא מעט מקומות נותן חשיבות לשכל ולתפקידו, אולם נראה כי כאן הוא מבקש דבר הפוך? ויותר מזה, האם באמת אין דרך לוגית לענות על שאלות אמונה?

על מנת לענות על כך נסתכל בדברי הרב בהמשך וננסה להבין את תשובתו, והרב ממשיך ומוסיף על פירושו חלק נוסף (אף שלכאורה הוא אינו נצרך):

ומה שכתב בפרשת ואתחנן: כי היא חכמתכם ובינתכם לעיני העמים אשר ישמעון את כל החקים האלה, וכאן משמע- אדרבה! שמונין על החקים?!

הרב מעלה סתירה בין הפסוק בפרשת ואתחנן- שממנו עולה שהאומות מקבלים את חוכמת התורה ועם ישראל, ובין הדברים כאן שמהם עולה שהם כן באים בטענות ושאלות על התורה ובמיוחד על החוקים (שנתפסים כלא הגיוניים). עונה הרב ומחלק בין שני מצבים, ולמעשה מניח כאן מפתח וטוען כי יש להתמודד עם שאלות אלו בדרך דדוקטיבית:

תשובה לדבר: כי יש חוקים שיכול השכל האנושי להשיג טעמם, זולת שטעמם נסתר מכלל ההמון ונגלה הוא ליחידי שרידי הדור. ופרה זו, טעמה נסתר מכל אדם … לפיכך האומות ששומעים חוק הפרה לבד ודאי מונין עליה, ולהלן נאמר את כל החוקים האלה, כי השומעים כל החוקים בכלל ויש בהם חוקים שיש בהם טעם נגלה- אזי המה יעידון יגידון גם על חוק הנעלם כי יש בו סוד ויתלו החיסרון בקוצר דעת המשיג.

תשובת הרב זו מוכיחה עד כמה רלוונטי פירושו להיום- ולא רק כתשובה לאומות העולם. העולם של היום מתמקד בשכל, מחייב הוכחות ולוגיקה, ומצב זה יוצר קשיים להסביר את התורה לא רק לאומות אלא גם לעם ישראל וזאת משום שנראה שאי אפשר לענות בצורה לוגית על שאלות מסוימות המחייבות אמונה. אולם הרב בפירושו מנסה להציג דרך שבה הדבר אפשרי: הנחת היסוד של הרב היא שלכל חוק ומצווה יש היגיון (גם אם הוא נסתר) ומשמעות הדברים היא שהאדם יכול להבין בשכלו את מהות המצווה. כאשר בא השואל ומתייחס רק למצווה אחת ושואל לגביה – קשה לענות על כך תשובה מספקת, ושאלה כזו יכולה לבטא התרסה משום שחסר בה הממד הלוגי, משל לדבר הוא ניסיון להסביר מבנה של עלי כותרת בלי להתייחס למבנה הפרח כולו.  

לעומת זאת כאשר האדם השואל מסתכל  על כל החוקים האלה, הוא כבר יכול להתחיל להפעיל תהליך של דדוקציה: אם מוכח לו שלכלל המצוות יש טעם הגיוני, יש להן משמעות מובנת ובונה, אזי כאשר הוא יגיע למצווה שלא מובנת לו המסקנה תהיה מבוססת על הניסיון עד עתה והמסקנה תהיה כי יש בו סוד ויתלו החיסרון בקוצר דעת המשיג. נראה שלדעת הרב תהליך הסקת מסקנות זה הוא שמבוטא בדברי המדרש ודברי ספר משלי: כאשר אדם שואל בצורה לא לוגית הוא כסיל, הוא מתריס, הוא לא שואל באמת. לעומת זאת כאשר אדם מבין באמת ש– חֻקָּה חָקַקְתִּי גְּזֵרָה גָּזַרְתִּי, ושהבנה זו בנויה על בסיס לוגי, אז הוא יכול לקבל גם את קוצר ההבנה שלו כתשובה.

ברוך ה' לעולם אמן ואמן.